Ołtarz składa się z mensy na cokole z przylegającą rzeźbą Szymona przedstawionego w pozycji leżącej. W 1945 r. odsunięto ołtarz wraz z sarkofagiem od ściany zachodniej, do której przylegał, w kierunku środka kaplicy. Antepedium ołtarzowe jest dziełem rzeźbiarza Jacka Zielaskiego z wieku XVII. Ma charakter płaskiego ornamentu pokrytego roślinnym wzorem, w który wkomponowano owal z herbem Śreniawa z inicjałami fundatorów kaplicy: Jana Lipskiego, starosty sądeckiego i jego żony Zofii. Nastawę ołtarza (retabulum) na ścianie zachodniej, wspartą na pilastrach, zwieńczoną kartuszem z herbem Śreniawa, wypełnia nisza zabudowana przez obraz przedstawiający św. Szymona w scenie z „próbą ognia”, symbolizującej wierność i posłuszeństwo nowicjuszy wobec Reguły zakonnej i przełożonych. Obraz został namalowany w roku beatyfikacji Szymona (1685) przez wileńskiego malarza Jana Gotharda Berkhoffa. Malarz ten w swojej sztuce ulegał wpływom malarstwa Franciszka Lekszyckiego. W tle sceny „próby ognia” zostały zaznaczone przez artystę sceny: „sadzenie dębu przez nowicjuszy” oraz „czerpanie wody ze studni Szymonowej”. W posadzce kaplicy była umieszczona płyta nagrobna rodziny Lipskich z roku 1677. Obecnie wmurowano ją w ścianę zachodnią, w holu między kościołem a konwentem. W kaplicy św. Szymona znajduje się jeszcze jeden obraz, wiszący na ścianie zachodniej, związany tematycznie z hagiografią Świętego. Również i to dzieło należy włączyć do kręgu wpływów Franciszka Lekszyckiego i odnieść do drugiej połowy XVII wieku.
Kaplica
św. Szymona z Lipnicy
Kaplica pod wezwaniem św. Szymona z Lipnicy jest usytuowana po prawej stronie prezbiterium, w przedłużeniu nawy północnej. Stanowi ośrodek kultu Świętego, którego beatyfikacja miała miejsce w 1685 r., a kanonizacja 3 czerwca 2007 r. Ołtarz w kaplicy został wykonany z czarnego marmuru (z Dębnika koło Czernej). Stanowi dzieło mistrza kamieniarskiego Marcina Krystiana z Kazimierza, ukończone w 1662 r. Relikwie świętego Szymona przeniesiono w uroczystej procesji z katedry wawelskiej dopiero w 1686 roku, w rok po wydaniu dekretu beatyfikacyjnego (relikwie przeniesiono do katedry na Wawelu przed zburzeniem kościoła w 1656 r.).
Ołtarz
Zdobienia
Kaplicę św. Szymona rozświetla okno witrażowe, zaprojektowane przez artystę malarza Józefa Mehoffera (†1946), związanego z grupą malarzy Młodej Polski. Artysta przedstawia temat apoteozy św. Szymona z Lipnicy (witraż został wykonany w zakładzie B. Buczka w Krakowie w roku 1946). Kaplicę Szymona zdobią też malowidła ścienne, wykonane przez Adama Stalony Dobrzańskiego i Ludwika Gardowskiego w roku 1945. Są to zarysy kościołów bernardyńskich w Polsce. W ostatnich latach, przed kanonizacją św. Szymona z Lipnicy, staraniem gwardiana klasztoru o. Fidelisa Maciołka, przeprowadzono gruntowną renowację kaplicy.
Kaplica
św. Anny
Odpowiednikiem architektonicznym kaplicy św. Szymona jest usytuowana symetrycznie do niej, na przedłużeniu nawy południowej, kaplica bracka pod wezwaniem św. Anny. W ołtarzu kaplicy została umieszczona gotycka rzeźba przedstawiająca św. Annę Samotrzeć. Rzeźba ta, datowana na koniec XV wieku, powstała w kręgu mistrza Wita Stwosza.
Płaską architekturę ołtarza zdobi antepedium o charakterze płaskorzeźby przedstawiającej „Ucieczkę świętej Rodziny do Egiptu”. Ołtarz zwieńczono złoconą rzeźbą Boga Ojca. Po obu stronach znajdują się złocone figury św. Franciszka z Asyżu i św. Klary. Na sklepieniu kaplicy widnieją malowidła przedstawiające św. Annę nauczającą swoją córkę Maryję.
Podobny temat prezentuje obraz olejny w górnej części ołtarza: „Św. Joachim i Matka Zbawiciela pochylona nad księgą Pisma świętego”. W ostatnich latach miała miejsce gruntowna renowacja kaplicy, staraniem gwardiana konwentu, o. Fidelisa Maciołka.